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Protokoll wird in spezifischen Kontexten spezifisch verwendet: In der Informatik: Kommunikationsprotokoll (zB Internet) In der Diplomatie: Diplomatisches Protokoll Ein protókollon war zuerst ein vorn an Papyrusrollen geklebtes Blatt mit bibliografischen Daten, entspricht also etwa dem heutigen Aktendeckel, wo draufstehrt, was drinsteht.

Als Protokoll bezeichne ich in einer umgangssprachlichen Verkürzung jede Niederschrift einer Veranstaltung, bei welcher gesprochen wird. Protokolle beinhalten auch wer was wann vereinbart hat.
Eigentlich sage ich dazu Sitzungsprotokoll. Der Zweck des Sitzungsprotokolls besteht darin, die Aussagen (und Beschlüsse) durch Verschriftlichung festzuhalten. In vielen Fällen wird das Sitzungsprotokoll durch Unterschriften bestätigt.

Als Protokoll bezeichne ich eigentlich die Niederschrift dessen, was - in einer unterstellten Sitzung - als Verhaltensregel für spezifischen Anlässe oder als Bedingungen im Sinne von Pflichtenheften vereinbart wurde.
Eigentliche Protokolle werden dann als Vorschriften gelesen, die als höfisch-diplomatische Protokolle den Verlauf der je meinten Veranstaltungen festlegen oder als kommunikationstechnische Protokolle den Signalverkehr regeln.

Das - etwas eigenartige - deutsche Wort Niederschrift steht dafür, dass niedergeschrieben wird, was davor mündlich vereinbart wurde. Im Protokoll kann auch niedergeschrieben werden, wie die Vereinbarungen zustande gekommen sind, typischerweise etwa wer was gesagt hat.
Fehlt eine Verbindlichkeit spreche ich von einer Mitschrift.
Oft werden auch Aufzeichnungen durch Apparate wie Video als Protokoll bezeichnet.

Protokolle haben oft eine bestimmte Form:
Protokollkopf: Der Kopf des Protokolls enthält genaue Angaben: Anlass (Titel der Veranstaltung, Veranstalter) Datum, Beginn und Ende, Ort, Anwesende, Abwesende, Verteiler, Protokollführer, Vorsitz der Sitzung, Thema und Auflistung der Tagesordnungspunkte (TOP)
Hauptteil: Die eigentliche Niederschrift
Schluss: Ort, Datum und Unterschrift des Protokollführers rechts und die des Versammlungsleiters links (oft nach Genehmigung in der nächsten Sitzung oder – bei Ergebnisprotokollen – in derselben Sitzung). Durch zwei Unterschriften wird das Protokoll zur Urkunde.

Dokumentationen als uneigentliche "Protokolle":

Oft wird auch die Darstellung des Verlaufes eines Experimentes oder eines Ereignisses als Protokoll bezeichnet.
Ein "Versuchsprotokoll" beschreibt die Durchführung eines wissenschaftlichen Versuchs und dokumentiert mögliche Ergebnisse. Es beinhaltet Versuchsaufbau und -durchführung, Messwerte und Beobachtungen sowie Auswertung und Erklärung der Ergebnisse.
Das ist natürlich kein Protokoll im eigentlichen Sinne, sondern eine Dukumentation.

Als Protokolle gelten auch oft kontinuierliche Aufzeichnen (die eben keine Niederschriften sind):
Ein normalerweise nicht sehr systematisches Beispiel ist das Tagebuch, ein sehr systemtisches Beispiel ist ein Kassenbuch

Manchmal werden auch für Präambeln als Protokoll bezeichnet, weil sie einer Art vorweg gehaltene Sitzung protokollieren: Bevor wir die Sitzung über die Verfassung eröffnen, machen wir in einer Sitzung davor ab, dass wir christlichen Glaubens sind! Andere sollten an der dann folgenden Sitzung nicht teilnehmen.