Als Atom bezeichne ich zwei ganz verschiedene Dinge:

• Das Unteilbare, das der Natur als Baustein dient.
  Dass die Natur etwas baut, ist eine archaische Redeweise.
   
  Als Bausteine ist das Atom das kleinste Teilchen, aus welchem alle Stoffe bestehen. Die Eigenschaften der Stoffe sind durch die räumliche Anordnung der Atome bestimmt.
  Jedes Atom gehört zu einem bestimmten chemischen Element. Atome verschiedener Elemente unterscheiden sich in ihrer Grösse und Masse und darin, wie sie chemisch reagieren und sich zu Molekülen oder festen Körpern zu verbinden.
   
• Das Teilbare, das die Atomphysik begründet
   
  Das Atom der Physiker ist ein gedankliches Konstrukt (was oft mit einem Modell verwechselt wird), das durch viele Experimente nicht falsifiziert wurde. Es beinhaltet verschiedene Teilkonstrukte, wie Protonen und Elektronen, welchen physikalische Massen und Ladungen zugerechnet werden.
   
  Solche Atome bilden die Materie, die Massen und Ladungen begründet und ihrerseits auch keine Eigenschaften hat, die Eigenschaften von Stoffen anders als durch Emergenz begründen können.
   
  Die elementaren Stoffe bezeichne ich als chemische Elemente. Sie sind in dem Sinne chemisch, dass sie Eigenschaften haben, die sie unterscheidbar machen.
   
  Die "Elemente" der Atome kann ich nicht unterscheiden.

Etwas Geschichte in Form von Geschichten:

In der griechischen Philosophie ist die Atomvorstellung erstmals im 5. Jahrhundert v. Chr. bei Leukipp überliefert. Sein Schüler Demokrit systematisierte sie und führte den Begriff átomos (ἄτομος) ein, was etwa „das Unzerschneidbare“ bedeutet, also ein nicht weiter zerteilbares Objekt. Diese Bezeichnung wurde Ende des 18. Jahrhunderts für die damals hypothetischen kleinsten Einheiten der chemischen Elemente der beginnenden modernen Chemie übernommen, denn mit chemischen Methoden lassen sich Atome in der Tat nicht „zerschneiden“.

Einen entscheidenden Beitrag lieferte A. Einstein 1905, indem er die bereits seit langem bekannte, im Mikroskop direkt sichtbare Brownsche Bewegung kleiner Körnchen [ HIER wird das Wort Körnchen verwendet ! ] quantitativ dadurch erklärte, dass sie von zufällig gehäuften Stössen von Atomen oder Molekülen aus der Umgebung herrühre.
Was im Mikroskop "gesehen" wird, ist dabei unerheblich, weil man Atome nicht sehen kann. Es gibt mittlerweile verschiedene bildgebende Verfahren, die Atome "zeigen".